Nel 2002 è giunta a compimento una lunga fase della gestione dei Musei Civici in cui la Città ha avuto responsabilità dirette. Il Consiglio Comunale ha infatti scelto di procedere alla costituzione della Fondazione Torino Musei per la valorizzazione e la gestione del patrimonio del Musei Civici, seguendo una prospettiva che, coerentemente con l'art.71 dello Statuto della Città, si propone di distinguere le funzioni di indirizzo, vigilanza, programmazione e controllo proprie dell'Ente, dalle modalità di gestione.
Il "Museo Civico" torinese fu istituito "per la conservazione e l'esposizione permanente" delle raccolte "di dipinti sculture e incisioni antiche e moderne; di oggetti d'arte di vario genere; di cose relative alle scienze naturali ed all'industria". Trovò sede in via G. Ferrari e aperto al pubblico nel 1863. Ne fu direttore - onorario - Pio Agodino, affiancato da un comitato direttivo. Alla sua morte, la direzione passò prima a Bartolomeo Gastaldi (1874), geologo, successivamente (1879) a Emanuele D'Azeglio, ambasciatore del Regno sardo a Londra e collezionista e infine (nel 1891) a Mario Avondo, pittore e collezionista.
Già nel 1868 i locali parvero inadeguati, ma solo nel 1895 gli "oggetti d'arte italiana moderna" vennero separati dalla "collezione preistorica" e da quella inerente "la storia del lavoro dal periodo bizantino sino al principio del corrente secolo" e trovarono collocazione all'interno di un padiglione costruito per la IV Esposizione Nazionale di Belle Arti nello stesso luogo in cui sorge oggi la Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea.
La separazione fra la Sezione "dell'arte applicata all'industria, dall'epoca bizantina alla metą del secolo diciannovesimo" e quella di "belle arti", trovò formale sanzione nel Regolamento del 1899 e riconfermata, nel 1913, da due diversi regolamenti, che prevedevano due direzioni distinte, affidate a Enrico Thovez e a Giovanni Vacchetta. Nel 1921 la carica di responsabile onorario passa a Lorenzo Rovere e nel 1924 la dizione Museo Civico, ormai superata, venne trasformata in quella di Musei Civici.
Nel 1930 Vittorio Viale ricevette "per chiamata" l'incarico di direttore. La sua lunga direzione - più di un trentennio - prese le mosse con il restauro della sede e il riordinamento delle collezioni d'arte moderna, la creazione di una biblioteca e di una fototeca e con lo spostamento del Museo d'arte antica in Palazzo Madama, realizzato nel 1935. Viale fu protagonista di primo piano della vita culturale e artistica del Piemonte: a lui si devono le grandi acquisizioni, un'attivitą espositiva di grande respiro e un'influenza che si allarga ben oltre i confini del museo e della città. A lui si deve anche la ricostruzione, dopo la guerra, della Galleria d'Arte Moderna, distrutta dai bombardamenti e riaperta al pubblico nel 1959 in un edificio di nuova concezione progettato dagli architetti Bassi e Boschetti.
Nel 1942 passano alle dipendenze dei Musei Civici anche il Borgo Medioevale, costruito nel 1884, in occasione della Esposizione internazionale, e, successivamente, il Museo Pietro Micca e dell'Assedio di Torino del 1706, inaugurato nel 1961.
Nel 1965 Vittorio Viale lascia l'incarico e viene sostituito da Luigi Mallè, che si dimetterą nel 1972. La reggenza è assunta allora da Aldo Passoni, la cui improvvisa morte, nel 1974, priva i Musei Civici di una direzione unitaria e sono affidati alle cure di Serena Fava, Silvana Pettenati e Rosanna Maggio Serra, prima conservatrici, poi dirigenti di raccolte d'arte. Il Regolamento del 1993 unifica la direzione artistica dei musei civici e delle mostre, affidandola a un Comitato Direttivo. Il riassetto gestionale dei Musei civici compie una svolta decisiva con l'approvazione da parte del Consiglio Comunale, nel 1997 del Regolamento per l' "Istituzione Galleria Civica d'Arte Moderna e Contemporanea" e del Regolamento per l' "Istituzione Museo civico d' "Arte Antica".